如何用SMILES書寫有機物的結構式
出自化学潮汐
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將SMILES表達式包裹於<smiles> </smiles>即可輸入有機物的結構式
書寫SMILES表達式的規則如下
1. 原子用在方括號內的化學元素表示,如[Ag]:
但B,C,N,O,S,P,F,Cl,Br,I無需方括號。
2. 氫原子會自動補足,無需寫明。
3. 在雙鍵部分用「=」,三鍵部分用「#」,如氰化氫: C#N
4. 如果結構中有環,則在任意一處開環,並把兩邊的原子標記同一數字,如環己烷: C1CCCCC1
註:避免將記號打在多個環公用的原子上
5. 芳香環中的字母需要小寫,如苯環: c1ccccc1
芳香環內b,c,n,o,s,p無需方括號
6. 支鏈用圓括號括起來,如三氟甲烷: C(F)(F)F
7. 雙鍵的同分異構用"/"和"\"表示,如順二氟乙烯、反二氟乙烯: F/C=C\F、F/C=C/F
試一試!嘗試寫出以下物質的SMILES表達式:
c1ccc2ccccc2c1(萘)
Cc1c([N+]([O-])=O)cc([N+]([O-])=O)cc1[N+]([O-])=O(三硝基甲苯)
CC#CC(C)(Br)C(C)CC(4,5-二甲基-4-溴-2-庚炔)
F/C(Cl)=C(F)\Cl(最後一個)
若預覽中未顯示所寫結構式,請按以下順序檢查錯誤:
1. 等待其渲染10s。
2. 檢查SMILES表達式是否錯誤,如CH2BrCH2Br應寫為BrCCBr而非CBrCBr。
3. 檢查SMILES表達式是否被<smiles></smiles>包裹。
4. 檢查所有符號均為半角(英文輸入法輸入)。
5. 檢查字母是否打錯,如<smilrs>。
6. 若未解決問題,請向他人求助。