如何用SMILES书写有机物的结构式
来自化学潮汐
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将SMILES表达式包裹于<smiles> </smiles>即可输入有机物的结构式
书写SMILES表达式的规则如下
1. 原子用在方括号内的化学元素表示,如[Ag]:
但B,C,N,O,S,P,F,Cl,Br,I无需方括号。
2. 氢原子会自动补足,无需写明。
3. 在双键部分用“=”,三键部分用“#”,如氰化氢: C#N
4. 如果结构中有环,则在任意一处开环,并把两边的原子标记同一数字,如环己烷: C1CCCCC1
注:避免将记号打在多个环公用的原子上
5. 芳香环中的字母需要小写,如苯环: c1ccccc1
芳香环内b,c,n,o,s,p无需方括号
6. 支链用圆括号括起来,如三氟甲烷: C(F)(F)F
7. 双键的同分异构用"/"和"\"表示,如顺二氟乙烯、反二氟乙烯: F/C=C\F、F/C=C/F
试一试!尝试写出以下物质的SMILES表达式:
c1ccc2ccccc2c1(萘)
Cc1c([N+]([O-])=O)cc([N+]([O-])=O)cc1[N+]([O-])=O(三硝基甲苯)
CC#CC(C)(Br)C(C)CC(4,5-二甲基-4-溴-2-庚炔)
F/C(Cl)=C(F)\Cl(最后一个)
若预览中未显示所写结构式,请按以下顺序检查错误:
1. 等待其渲染10s。
2. 检查SMILES表达式是否错误,如CH2BrCH2Br应写为BrCCBr而非CBrCBr。
3. 检查SMILES表达式是否被<smiles></smiles>包裹。
4. 检查所有符号均为半角(英文输入法输入)。
5. 检查字母是否打错,如<smilrs>。
6. 若未解决问题,请向他人求助。